Niebezpieczeństwa

• Organizacja może być nieprzygotowana na wdrożenie BizDesk lub w ogóle tego nie potrzebować.
• Brak powiązania baz danych wszystkich systemów działających w firmie może skutkować dodatkowymi nakładami na integrację bądź powodować konieczność wielokrotnego wprowadzania informacji lub wydłużenia do nich czasu dostępu.
• Jeżeli informacje funkcjonujące w firmie będą dostępne tylko dla pojedyńczych pracowników i nie ma procedur powodujących ich ujawnianie, wdrażanie systemu nie ma sensu. BizDesk ma polepszać obieg informacji w firmie; aby jednak było co polepszać informacja musi funkcjonować w postaci jawnej tzn. zapisanej w dowolnej formie.
  
• Brak ścisłej współpracy i zaangażowania pracowników oraz kierownictwa oraz brak bezpośredniego zainteresowania i nadzoru kierownictwa firmy przy wdrażaniu systemu BizDesk może pomniejszyć lub zniweczyć korzyści z jego wdrożenia
• Lęk i opór pracowników przed zmianami, jeżeli nie zostanie zminimalizowany poprzez odpowiednią informację i uświadomienie o konieczności i celowości przeprowadzanych zmian, może wpłynąć na ograniczenie planowanych korzyści
• Złe zaplanowanie terminów lub brak ich egzekwowania może podnieść koszty wdrożenia BizDesk lub spowodować obniżenie zaangażowania personelu
• Przed definitywnym przejściem na system BizDesk warto zaplanować odpowiedni okres testowania pilotażowego na wybranych stanowiskach, działach, oddziałach czy w wybranych procesach działania firmy. Brak takiego testu może zakłócić procesy lub spowodować wyższe koszty wdrożenia. Lepiej usunąć ewentualne braki systemu, czy przygotowania personelu lub kierownictwa, bez ponoszenia strat produkcyjnych
• Podczas właściwej eksploatacji systemu BizDesk, brak kontroli, zwłaszcza w pierwszym okresie działania może doprowadzić do ograniczenia efektów lub nawet zniweczenia czasu i kosztów wydanych na wdrożenie. Warto monitorować czy wszyscy korzystają z systemu, czy zadania są zlecane przez program, czy dane są wprowadzane z odpowiednią dokładnościa i sumiennością, jaka jest jakość wprowadzanych danych, czy następuje proces optymalizacji obsługi systemu?

Badania przeprowadzone wśrod firm europejskich w 2004 roku pokazują listę najważniejszych przeszkód, które mogą stanąć na drodze udanemu wdrożeniu.
Najwięcej - niemal połowa ankietowanych - obawia się złego określenia potrzeb firmy. Inne zagrożenia to niedostateczne zasoby (46%), brak wsparcia kierownictwa wysokiego szczebla (45%), niechęć do zmian lub ich niezrozumienie (39%), brak wyszkolenia (32%), zła komunikacja (30%), wygórowane oczekiwania co do oczekiwanych korzyści (29%), złe oszacowanie potrzebnego czasu wdrożenia (25%), zły projekt (22%) i niedopasowanie systemu do procesów biznesowych (22%).

Warto wyodrębnić i wycenić wszystkie procesy w firmie, pamiętając przy tym, że wewnętrzne zasoby w firmie wcale nie są bezpłatne. Przy szacowaniu kosztów zakupu i wdrożenia BizDesk należy przewidzieć również sposoby rozliczania; płatne powinny być tylko rezultaty przynoszące korzyści. W rozbudowanych, wielostrukturowych organizacjach, w trakcie wdrożenia i eksploatacji systemu, może być zasadne powołanie stanowiska administratora, do nadzoru nad jakością i poprawnością wprowadzania danych oraz do ewentualnych analiz i monitoringu procesów.
Spośród dużej ilości funkcji BizDesk organizacja musi wybrać te, które przyniosą największe efekty ekonomiczne. Trzeba również pamiętać o tym, że wybór dużej ilości modułów i funkcji może zdecydowanie powiększyć koszty wdrożenia. Może się okazać, że warto na początek zrealizować tylko cele, przynoszące największe korzyści, a resztę zostawić na później. Wdrożeniu oprogramowania towarzyszą zwykle zmiany organizacyjne; czasami wdrożenie systemu może wymusić korzystne dla firmy zmiany dopasowane do najlepszych wzorców wypracowanych w systemach ERP/CRM. Dlatego, może nie zawsze, trzeba szukać systemu odpowiadającego dokładnie obecnemu modelowi funkcjonowania firmy.